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UncleCAT4
V2EX  ›  问与答

生信论文复现结果相差很大

  •  
  •   UncleCAT4 · 55 天前 · 1340 次点击
    这是一个创建于 55 天前的主题,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

    原文链接: https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18546

    Os01g0881966.svg Os06g0145700.svg peaks.png tss-tts.png tss-tts2.png

    这些是我做的结果,不管是 RNA-seq 还是 DAP-seq ,差距都很大,原文材料与方法也说的不清楚,而原文使用的一些数据我使用时甚至结果都出不来.....

    请问这样正常吗?

    11 条回复    2024-04-04 20:35:22 +08:00
    naminokoe
        1
    naminokoe  
       55 天前
    v2 上懂这个的不多吧,发信问通讯作者才是正道
    UncleCAT4
        2
    UncleCAT4  
    OP
       55 天前
    @naminokoe 🤣行,我问问
    MrOange
        3
    MrOange  
       55 天前
    有没有一种可能,这数据不完全是真的,比如没加上某个重要的负面影响因子
    deecyn
        4
    deecyn  
       55 天前
    这不就是著名的国产学术垃圾吗 https://www.bilibili.com/video/BV1Ts4y1A7wm
    lekai63
        5
    lekai63  
       54 天前 via iPhone
    问通讯呗。不回复的话 也可能就是论文工厂的流水线产物
    GGBond2001
        6
    GGBond2001  
       54 天前
    这个就是很简单的 peak 在基因功能元件上的分布图和 TSS 富集热图, 从文章的材料与方法可以知道, DAP-seq 部分的分析是外包给上海翰宇生物科技有限公司进行的. 这种图一般都是公司通过标准流程分析出来的, 一般不至于造假. 不过文章中的那个 TSS 热图确实很奇怪, 如果 GFP 是对照组的话, 得出的结论应该是 OsPHR2 与 DNA 的结合被抑制了, 但文章的结论好像恰恰相反.
    GGBond2001
        7
    GGBond2001  
       54 天前
    @GGBond2001 这种分析一般都是交给实习生或者应届生做的, 不排除是他们第一次做这种分析把数据搞错了
    (我对这些分析也不是很懂, 也有可能文章的图就是对的
    UncleCAT4
        8
    UncleCAT4  
    OP
       54 天前
    @GGBond2001 🤔不知道是不是我自己的问题
    @lekai63 已经发 email 了
    @deecyn 中科院的,应该还行吧
    @MrOange 有可能,生物上细微的不同就可能造成很大误差
    GGBond2001
        9
    GGBond2001  
       54 天前
    @UncleCAT4 可以去 Biostars 或者 Stack Overflow 问一下,那边获得有效回答的可能性比较大。另外,最好贴一下你用的哪些软件及其参数,处理数据的流程。
    UncleCAT4
        10
    UncleCAT4  
    OP
       54 天前
    @GGBond2001 我去试试
    imzcg2
        11
    imzcg2  
       54 天前
    不要把世界想的太美好还给她找借口,大胆的说:这就是假的,在什么资源也没有的空白房间里的论文高手生产的,出发点就很完美怎么看都完美就是不能验证
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